L'ús de residus orgànics, com a substrat, es pot entendre com una estratègia de doble objectiu, d'una banda la valorització de residus orgànics i per l’altre el cultiu i producció d'insectes. A dia d'avui, la valorització de residus a través del cultiu de dípters és una tècnica en fase de desenvolupament. L'èxit comercial d'aquesta estratègia recau en l'aprofitament dels productes resultants del procés de bio-digestió, tals com fertilitzants, pinsos i components nutricionals per a alimentació animal, entre d’altres que es poden trobar en el següent diagrama.

La cria artificial d'insectes, concretament dípters, es realitza a petita i gran escala. A petita escala, per exemple, es crien insectes d'elevat valor afegit destinats a la pol·linització en hivernacles; la producció a gran escala s'utilitza per al cultiu d'un elevat nombre d'individus esterilitzats, emprats per al control de plagues que afecten a cultius, mitjançant la tècnica dels insectes estèrils.

Un aspecte a tenir en compte és que l'ús d'insectes per a l'alimentació animal està restringit en funció del tipus de residu emprat com a substrat. Aquest sector de producció d'insectes es coneix amb el nom de miniramaderia ja que segons l'establert en el reglament (CE) Nº 1096/2009, els insectes es consideren animals de granja, de manera que existeixen limitacions respecte al substrat emprat en els cultius, tals com l'ús de fems o productes alimentaris no comercialitzables de carn i peix.

De la mateixa manera la unió europea, mitjançant el reglament (UE) nº 142/2011, prohibeix l'ús del subproducte animal per a l'alimentació del bestiar, no obstant permet la seva utilització en l'elaboració de pinsos per a animals no destinats al consum humà.
La composició i tipus de substrat utilitzat per al cultiu determina el desenvolupament, rendiment i propietats de l'espècie i varietat cultivada. Per aquest motiu un dels grans reptes d'aquesta tecnologia innovadora és controlar la variabilitat del residu orgànic emprat com a substrat. En el cas d'emprar subproductes de l'agricultura o de la indústria agroalimentària, existeix l'avantatge de que la composició es pot determinar més fàcilment, però el problema resideix en la disponibilitat al llarg de l'any a causa de la seva estacionalitat.

Els residus orgànics no tan sols serveixen de substrat nutricional, també poden emprar-se com a elements estructurants, aquest és el cas del segó de blat o les serradures i encenalls de fusta.

Quan es parla del processament de biomassa larvària per a la seva comercialització com a font de proteïnes i greixos, un factor rellevant a tenir en compte és la competència amb altres fonts de nutrients consolidades al mercat, tals com la soja i les farines de peix. Per aquest motiu la producció eficient d'ous i l'optimització de la digestió larvària són elements clau a considerar.
En aquesta línia Bioflytech, una Empresa de Base Tecnològica de la Universitat d'Alacant que es dedica a la recerca i al desenvolupament científic tècnic de procediments i productes relacionats amb el cultiu de dípters, fa selecció d'espècies i varietats òptimes per a cada tipus de substrat, aconseguint millores en la producció i el desenvolupament de biomassa larvària.

Aquestes tècniques no estan exemptes de riscos que han de ser gestionats. Entre ells s'han de considerar els propis del cultiu per possibles malalties, patògens i contaminació per toxines de les poblacions d'insectes, així com els associats als treballadors, per exemple el desenvolupament d'al·lèrgies. També s'ha de tenir en compte el risc associat a l'ús d'aquest tipus de biomassa per a l'alimentació degut al potencial de transmissió de malalties. L'abast d'aquest risc encara està per determinar, projectes com PROteINSECT estan duent a terme estudis de recerca.

Bioflytech ha publicat un article científic sobre la conversió de residus orgànics en biomassa larvària, en el qual conclou que una bona metodologia per a la cria artificial, ha de començar per definir tipus de biomassa que es vol produir, per posteriorment estudiar el tipus de substrat idoni, amb la finalitat de conèixer com la composició de substrat afecta al contingut de biomassa. Tot seguit, s'ha d'esbrinar quina és la disponibilitat d'aquest residu/substrat al llarg de l'any a la regió de producció. Segurament la millor opció serà una mescla seleccionada de residus del sector agroalimentari.